L'évolution du climat de la région est responsable dans une très large mesure l'apparition des conditions qui ont permis la naissance de la civilisation égyptienne.
On peut découper cette évolution en cinq grandes phases :
① Entre -18000 -15000 av. J.-C.
Le Sahara est soumis à une grande sécheresse qui pousse les populations et les animaux vers les rives plus accueillantes du Nil.
② Entre –15000 à -9000 av. J.-C.
Une importante pluviosité transforme la vallée du Nil en un immense marécage alors que les savanes du Sahara vert redeviennent accueillantes pour une civilisation de chasseurs et bientôt de pasteurs.
③ Entre-9000 à -6000 av. J.-C.
Nouvelle vague d'aridité dans le Sahara au cours de laquelle la vallée du Nil apparaît progressivement comme une longue oasis pour les populations chassées par la sécheresse de leur habitat. On découvre les premiers foyers néolithiques à la fin de cette période au Soudan, dans la région de Khartoum.
④ vers -5500 à -5000 av. J.-C.
C'est l'établissement progressif des conditions climatiques actuelles. C'est vers cette période qu'émerge sans doute la population qui va donner naissance à la civilisation égyptienne. Elle serait ainsi le résultat de la fusion d'éléments proto-berbères sahariens qui pratiquaient déjà l'élevage avec des populations vivant de chasse, de pêche et de cueillette plus anciennement installées sur les rives du Nil.
⑤ vers –5700 à – 4700 av. J.-C.
Apparition, dans l'oasis du Fayoum, de la culture néolithique dite de Fayoum A. Les conditions propres au milieu font que l'agriculture se substitue rapidement à l'élevage.
Les habitants cultivent l'orge, les lentilles, les pois chiches et le lin. Au sortir de l'ère paléolithique, la flèche, le harpon, l'emploi des ocres comme colorants, l'usage des meules pour écraser les produits de la cueillette, l'art de coudre les peaux, de travailler l'os avec des grattoirs, de tresser, puis enfin la poterie font leur apparition.
Au néolithique, les paysans égyptiens plantent et tissent le lin, défrichent la vallée du Nil, qui leur donne les céréales, les légumes et le poisson nécessaires à la vie.