Pour les Européens, l'Afrique resta longtemps un « continent mystérieux », dont seules les côtes atlantiques, pourvoyeuses d'esclaves, étaient visitées. L'exploration de l'intérieur ne se fera systématiquement, par eux, que tard dans le XIXe siècle et précédera de très peu l'entreprise coloniale.
Dès le IIe millénaire, les dynasties égyptiennes étendent leur influence loin au sud, en Nubie, dans le pays de Couch. Le Nouvel Empire, à partir de 1580 avant notre ère s'étendra en amont de la quatrième cataracte. Mais au-delà, le Nil reste plein de mystère et l'emplacement de ses sources sera très tôt l'un des problèmes majeurs posés aux géographes. Pour Hérodote, « on connaît le cours du Nil jusqu'à une distance de quatre mois de navigation Li. Le Nil vient du Couchant et des contrées occidentales mais, au-delà, nul ne possède de renseignements certains, car le pays, en raison de son climat brûlant, est un véritable désert ». L'historien grec rapporte pourtant des bruits qui courent sur des aventuriers originaires de la région de la Grande Syrte : après avoir traversé les déserts, ils auraient atteint un grand fleuve qui, « coulant du Couchant vers le Levant serait peut-être le Niger mais passait pour constituer la branche mère du Nil. En revanche, toujours d'après Hérodote, un point capital de la connaissance de l'Afrique est acquis depuis longtemps : « La Libye [l'Afrique] est limitée de tous côtés par la mer, sauf dans la partie où elle se rattache à l'Asie. » Cette certitude serait à porter au crédit du pharaon Néchao II, qui aurait envoyé les Phéniciens entreprendre le périple du continent en partant du golfe Arabique (la mer Rouge) : le voyage aurait demandé trois années. Il est peu vraisemblable que cette expédition ait réellement eu lieu.
Si le monde noir est à peine soupçonné, Hérodote donne des renseignements précis sur les peuples de l'Afrique septentrionale, depuis ceux qui habitent l'oasis d'Amon (sans doute l'oasis de Siouah) jusqu'aux habitants des rivages de l'actuelle Tunisie. Au-delà, vers l'ouest, Hérodote est très discret : « Je ne sais absolument rien sur les peuples qui vivent au-delà du pays des Atlantes. » À peine une allusion, d'après des témoignages de Carthaginois, à un trafic d'or qui se faisait sur les côtes occidentales de l'Afrique avec des peuplades habitant l'actuel Rio de Oro. Pourtant les rivages du continent auraient déjà été reconnus par de hardis voyageurs des Carthaginois commandés par Hannon, qui, vers le début du Ve siècle. avant notre ère se seraient avancés jusqu'au fond du golfe de Guinée. Mais cette expédition, connue par un court texte grec du IVe siècle, reste très hypothétique quant aux rivages effectivement visités.
Après Hérodote, la connaissance de la configuration générale de l'Afrique ne s'améliore pas : pour Ératosthène, le littoral au-delà du cap Guardafui (Somalie) est totalement inconnu et la mappemonde de cet auteur ne montre pas de communication entre « océan éthiopien », à l'ouest, et la « mer Érythrée ». De même Strabon puis Ptolémée supposent que l'Afrique s'étend démesurément vers l'est, dans les basses latitudes qui limitent la mer Érythrée. Le dernier, cependant, a une idée assez précise des côtes orientales du continent jusqu'aux alentours de Zanzibar. Les connaissances de l'intérieur vont progresser à l'initiative des Romains :
en 19 avant notre ère Cornelius Balbus Minor atteint le Fezzan.
En 42 de notre ère, Paulinius, à la poursuite de rebelles, explore les régions correspondant au Maroc méridional. Néron envoie une expédition à la recherche des sources du Nil : elle s'avance très loin vers le sud. Utilisant en outre des renseignements fournis par des marins grecs, Ptolémée peut décrire l'origine du grand fleuve, né dans deux lacs situés au sud de l'équateur, eux-mêmes alimentés par les « monts de la Lune ». Ces derniers seront jusqu'au XIXe siècle un élément essentiel de la carte de l'Afrique. Si cette chaîne n'existe pas, du moins l'origine lacustre du Nil sera-t-elle confirmée.
Enfin, à la fin du Ier siècle, Ptolémée cite deux expéditions romaines qui se seraient enfoncées assez profondément dans le continent africain pour atteindre le mystérieux pays d'Agisymba.