Au Moyen Age, secte d'origine orientale et de caractère dualiste.
Déjà au XIe siècle, la vie religieuse conservait difficilement son équilibre. Beaucoup aspiraient à un retour à la pauvreté et à la simplicité apostoliques, alors que, trop souvent, les prélats offraient le spectacle d'une vie luxueuse et peu édifiante. De là, il était facile de verser dans l'hérésie. Dès 1022 apparurent chez les chanoines de l'église Sainte-Croix d'Orléans des idées étranges sur la Création. Une nouvelle impulsion fut donnée, au cours de la première moitié du XIIe s., par des prédicateurs itinérants comme Pierre de Bruys (mort v. 1140) et Henri de Lausanne (appelé aussi Henri l'Hérétique ou Henri de Cluny [mort 1148]). A ces mouvements sporadiques, volontiers qualifiés de manichéens, le bogomilisme a fourni le cadre doctrinal qui faisait défaut.
L'hérésie des bogomiles, inspirée de celle des pauliciens, eux-mêmes originaires d'Asie Mineure, fut prêchée en Bulgarie par le pope Bogomil, au temps du tsar Pierre (927-969). Elle enseignait le mépris de l'Eglise officielle et l'inutilité de ses sacrements,
le rejet de l'Ancien Testament. Depuis la péninsule des Balkans, l'hérésie fut propagée en Occident par des missionnaires et des marchands. Les guerriers revenus de la deuxième croisade (1148) en furent d'excellents propagandistes.
A partir de 1150 environ, l'hérésie nouvelle se répandit très rapidement dans les pays rhénans, avec des foyers actifs à Bonn et à Cologne, ainsi qu'en Flandre. Elle fit des adeptes surtout parmi les artisans et les marchands. Des relations s'établirent très vite : cinq cathares, venus de Flandre à Cologne, furent brûlés dans cette ville en 1163. Un propagandiste, le clerc Jonas, banni par les archevêques de Cologne et de Trèves vers 1155, fut ensuite condamné par l'évêque de Cambrai. Selon le concile réuni à Reims (1157), les dissidents faisaient une active propagande, occulte et insaisissable.
Dans les régions méridionales, l'hérésie rencontra un terrain très favorable. En Languedoc, on saisit l'activité de la propagande à l'époque du concile de Tours (1163). La force de l'hérésie se manifesta dès 1165 à la conférence de Lombers : les tenants des idées nouvelles y tinrent tête aux prélats méridionaux. En Italie, les régions les plus diverses furent atteintes, mais le principal foyer se développa en Lombardie. Dès 1167, on y trouve un évêque, Marc.
C'est, le même mouvement que l'on retrouve partout, sous les noms les plus divers : patarins en Lombardie, cathares (du gr. katharos, pur) à Cologne, piphles en Flandre, tisserands en Champagne, poplicains dans la province de Sens, ariens et bons hommes dans le Midi. Une véritable révolution religieuse s'est donc produite, opposant Eglise contre Eglise.
Le dualisme modéré.
Les premiers hérétiques se rattachaient aux bogomiles de Bulgarie (d'où les noms de bulgares, ou bougres). A leur suite, ils rejetaient les sacrements de l'Eglise (en particulier le baptême, l'eucharistie, le mariage), auxquels ils opposaient le consolamentum, l'imposition des mains conférée par un membre de la secte, un « pur », un « parfait ». Celui qui avait reçu ce sacrement devait se soumettre à une discipline stricte, chasteté, abstinence de viande, d'oeufs, de lait et de fromage, observation de trois carêmes par an. Cette vie austère était celle d'une petite minorité, celle des ministres, ou parfaits. Parmi eux, il existait une hiérarchie. Le diacre administrait une petite région. A la tête d'une Eglise, l'évêque était assisté d'un fils majeur et d'un fils mineur, auxquels revenait sa succession.
Aucune obligation n'était imposée aux simples croyants; il leur suffisait de croire que le consolamentum assurait, avec l'entrée dans la secte, le salut. La prière essentielle était l'oraison dominicale, qu'ils récitaient en y ajoutant la doxologie en usage dans les Eglises d'Orient. Le Nouveau Testament était reçu dans la même version que celle des catholiques. Le rejet de l'Ancien Testament n'a pas toujours été aussi total qu'on l'a affirmé. Les cathares vivaient dans un monde entièrement mauvais, le monde visible étant le domaine du diable, ange déchu et révolté. Le Dieu suprême avait créé le ciel invisible, les esprits célestes qui l'habitaient, les quatre éléments. Le démon était seulement l'organisateur du monde sensible. Après sa révolte, Satanaël, relégué avec les esprits qui l'avaient suivi dans le domaine des éléments, avait emprisonné dans des . corps matériels les âmes tombées avec lui.
Ce dualisme n'était pas radical : on le qualifie de dualisme modéré, ou mitigé.
Le dualisme absolu.
Très vite, une seconde vague atteignit, vers 1175, l'Italie du Nord et le d Languedoc. En effet, en Thrace et à Constantinople, le bogomilisme prit une forme différente dans l'Eglise de Dragovitsa : on y croyait à la pleine égalité entre le principe du Bien, créateur du monde invisible, et le principe du Mal, créateur du monde matériel; le Bien et le Mal constituaient deux domaines distincts, engagés dans une lutte sans fin; la création de l'homme s'expliquait par l'action du dieu mauvais. Seul le consolamentum permettait à l'âme d'échapper à l'emprise de la matière et aux épreuves de la métempsycose.
En 1174, l'évêque cathare de Constantinople, Nicétas (ou Niquinta), se rendit en Bulgarie et persuada l'évêque Marc d'abandonner l'ordre de Bulgarie au profit de celui de Dragovitsa. Mais Marc ne tarda pas à avoir des doutes, et il se tourna de nouveau vers l'Eglise de Bulgarie, à laquelle, après sa mort, son ami et successeur Jean le Juif resta fidèle. Mais il ne fit pas l'unanimité autour de lui. En Languedoc, le dualisme absolu connut un très grand succès et s'imposa sans difficulté.
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