On divise la période classique en ancienne (250-550) et récente (550-950); cette division repose principalement sur des changements de style céramique. Au cours du Classique récent, la civilisation maya s'étendait de Comalcalco au Tabasco jusqu'à Copan au Honduras, et avait gagné certaines parties des hautes terres du Chiapas (Chinkultic, Tonina). Cependant, le Yucatan connaissait des styles architecturaux particuliers (Rio Bec, Chenes, Puuc), associés à une diminution du nombre des stèles et à une simplification des inscriptions. Dans la plus grande partie des hautes terres et de la côte pacifique, les cultures demeurent marginales, sans inscriptions ni architecture à voûte. De fortes influences originaires du Mexique se manifestent : occupation de Kaminaljuyû par une colonie issue de Teotihuacan, la grande métropole du Mexique central (de 400 à 600), et développement dans la région de Cotzumalhuapa, sur la côte pacifique du Guatemala, d'une civilisation fortement influencée par le Mexique méridional (de 400 à 900). L'installation de populations en provenance du Mexique dans ces régions semble déterminée par le désir de s'emparer du contrôle du commerce à longue distance du cacao, produit en grande quantité sur la côte pacifique. A la fin du Classique récent, la civilisation maya de la zone centrale entre en décadence rapide. Les différents centres cessent d'ériger des stèles à inscriptions, certains dès 800, et sont tous abandonnés avant 1000, en même temps que l'on note une diminution considérable de la population rurale. On tend à attribuer l'origine de cette catastrophe à une pluralité de causes: trop forte densité de population aboutissant à un épuisement des sols tropicaux fragiles, troubles sociaux et rivalités entre les cités, incursions de guerriers venus du Tabasco et de culture plus mexicaine que maya. Entre 900 et 1000, ces envahisseurs s'installent pour un temps à Altar de Sacrificios, situé au confluent des rivières navigables les plus importantes de la zone centrale. Au même moment, des guerriers d'origine toltèque. s'emparent de Chichén Itzâ, au Yucatan, où l'on voit également disparaître la civilisation classique de la région Puuc. Dans les hautes terres, certains centres sont abandonnés, sans doute en raison de leurs liens étroits avec la civilisation classique, tandis que d'autres continuent d'être habités, tel Zaculeu, capitale des Indiens Mam du Guatemala.
La période postclassique a été subdivisée en ancienne (de 950 à 1250) et récente (de 1250 à la conquête espagnole). Le Postclassique ancien est au Yucatan la période d'hégémonie totale de Chichén Itzâ, où le culte de Quetzalcôatl, le serpent à plumes, héros légendaire de Tula et divinité puissante au Mexique central, accompagne celui du dieu de la Pluie des Mayas. Puis Chichén Itzâ est remplacé par Mayapân au début du Postclassique récent, souvent désigné comme période décadente en raison de la dégénérescence générale des arts. Mayapân tombe à son tour, victime des rivalités des lignages nobles, et les Espagnols ne rencontreront que des petits états rivaux, qui seront pourtant de taille à leur opposer une résistance acharnée. Dans la partie centrale de l'aire maya, deux régions, la côte du Tabasco et la côte de l'actuel Honduras britannique, sont très actives durant cette période et se livrent au commerce à longue distance du cacao. Entre les deux, au long de la route que suivra Cortés pour se rendre au Honduras, on ne trouve que des villages fortifiés ou construits sur les îlots des lacs, à l'exception d'un seul centre important, celui des Itzâ à Tayasal, sur le bord du lac Petén Itzâ, qui résistera aux Espagnols jusqu'en 1697. Dans les hautes terres, le Chiapas ne connaît que des petits centres indépendants, mais au Guatemala, au cours du Postclassique récent, des dynasties se réclamant d'une origine toltèque fondent des Etats conquérants: celui des Quichés (capitale Utatlân) et celui des Cakchiquels (capitale Iximché). Les guerres sont incessantes, et la plupart des centres sont construits en position défensive sur des collines ou des promontoires.
Après la conquête espagnole, la partie centrale de l'aire maya devient le refuge des fuyards, dont certains, originaires du Yucatan, sont probablement les ancêtres des Lacandons d'aujourd'hui. Le Yucatan et les hautes terres voient leur population indigène concentrée en villages d'évangélisation et victime de terribles épidémies, qui auraient au cours du XVIe siècle fait périr jusqu'à 90 p. 100 des habitants et causé le dépeuplement total de la côte pacifique. Une nouvelle culture se crée, faite d'éléments indigènes et espagnols mêlés et modifiés, et qui persiste encore de nos jours dans les villages les plus difficiles d'accès des montagnes du Chiapas et du Guatemala. La résistance à la colonisation et à l'oppression des nouveaux Etats nés de l'indépendance a été marquée par des soulèvements indigènes (rébellions du Chiapas en 1712 et en 1869.70, «guerre des castes» au Yucatan de 1847 à 1855). La forme de résistance la plus courante se manifeste par le caractère volontairement fermé et conservateur des communautés mayas. L'accroissement démographique commencé à la fin du XVIIIe siècle a permis à la population indigène de rattraper et probablement de dépasser les densités préhispaniques, tandis que l'accélération des activités économiques modifie de plus en plus la culture traditionnelle héritée de la période coloniale.
