Quand la culture chinoise fut importée au Japon, le Bouddhisme, le Confucianisme, le Taoïsme et le Yin-Yang n'ont pas supplanté la religion indigène mais furent graduellement incorporés aux rituels Shintô et aux fêtes locales. En 768, le plus grand lieu saint et le plus sacré Shintô à Ise devint ainsi un temple Bouddhiste. Le Bouddhisme et le Shintoïsme peuvent être considérés comme des religions duales. Cette union est appelée Ryobu Shintô, ou "Shintô Duo" et a été rendue possible grâce à la doctrine appelée "honji suijaku", ce qui signifie " traces des manifestations des éléments d'origine. " Les dieux de Shintô ont été considérés comme "les traces" de Bouddha", c'est-à-dire qu'ils étaient les avatars de divers bodhisattvas, ou les incarnations précédentes de Bouddha.
Pendant la période Tokugawa (1603-1868), un groupe de savants a commencé à étudier ce qu'ils ont appelé kokugakushu, qu'on peut traduire par "Etudes Natales," ou "Nativisme", ou, moins exactement, "Etudes japonaises." Le kokugakushu a pour tâche de retrouver la culture japonaise d'origine. L'objet central de leur étude était le Shintoïsme comme la religion originale du Japon. Ce Shintô diffère incontestablement de l'original, principalement parce que le kokugakushu essayait d'inventer une religion nationale capable d'unifier un pays.