Pendant la réclusion de Thésée au Tartare, les Dioscures, à la tête d'une armée formée de Laconiens et d'Arcadiens, avaient marché sur Athènes et demandé le retour d'Hélène. Comme les Athéniens affirmaient qu'elle n'était pas chez eux et qu'ils n'avaient pas la moindre idée du lieu où elle se trouvait, les Dioscures ravagèrent l'Attique jusqu'à ce qu'un jour les habitants de Décélie, qui désapprouvaient la conduite de Thésée, les conduisissent à Aphidna où ils retrouvèrent leur sœur. Les Dioscures rasèrent alors totalement Aphidna; quant aux Déléciens, ils furent, depuis lors, exemptés de tout impôt de la part de Sparte, et des places d'honneur leur furent réservées aux fêtes de la cité, leurs terres furent les seules à être épargnées au cours de la guerre du Péloponnèse au moment où les Spartiates dévastèrent l'Attique.
Thésée, qui était revenu du Tartare, éleva un temple à Héraclès Sauveur et lui reconsacra tous ses autels et ses bois sacrés à l'exception de quatre. Mais il était très affaibli par les tortures qu'il avait subies et il trouva Athènes à ce point divisée par les factions et la dissidence, qu'il ne fut plus en mesure de maintenir l'ordre. Il fit d'abord partir ses enfants d'Athènes et les fit passer en Eubée, où Elpénor, fils de Chalcodon, leur donna refuge, puis, ayant maudit solennellement Athènes du haut du mont Gargettos, il s'embarqua pour la Crète où Deucalion avait promis de lui donner asile.
Une tempête détourna le navire de sa route et il aborda à l'île de Skyros, près d'Eubée, où le roi Lycomédès, le reçut avec les honneurs dus à sa renommée et à sa naissance. Thésée, qui avait hérité d'un État à Skyros, demanda l'autorisation de s'y fixer. Mais Lycomède avait longtemps considéré ce pays comme le sien -et, sous le prétexte de montrer ses frontières à Thésée, il l'attira en haut d'une falaise escarpée et le poussa dans le vide en racontant qu'il était tombé ayant trop bu et trop mangé.
Ménesthée, un des soupirants d'Hélène, était maintenant tranquille pour son trône, à la tête des forces athéniennes, à Troie où il acquit une grande réputation, comme stratège, il fut tué dans une bataille. Les fils de Thésée lui succédèrent.
Thésée, en compagnie d'Héraclès et d'Hermès, était le patron de tous les gymnases et écoles de lutte en Grèce. Sa ressemblance avec Héraclès était proverbiale.
Les esclaves et les cultivateurs maltraités cherchèrent désormais refuge dans son sanctuaire, où des sacrifices lui étaient offerts le huitième jour de chaque mois, parce qu'il arriva à Athènes le huitième jour d'Hécatombéon, et revint de Crète le huitième jour de Pyanepsion. Ou bien peut-être parce qu'il était fils de Poséidon dont les fêtes sont aussi célébrées à cette date du mois, car huit, étant la première puissance au cube d'un nombre pair, représente la puissance inamovible de Poséidon.