Héraclès naquit à Thèbes, de Zeus et d'Alcmène (Ἀλκμήνη), femme d'Amphitryon, roi de Tirynthe. Alors que le roi était à la guerre Zeus prit son apparence et alla passer une nuit avec la reine. Il avait recommandé à Hélios de ne pas paraître pendant trois jours de ce fait pendant la même longue nuit Amphitryon lui aussi rentra dans son palais et honora son épouse.
Or, contrairement aux autres amours humaines de Zeus, Alcmène avait été choisie non pas tant pour son seul plaisir mais à dessein, pour donner naissance à un fils qui serait suffisamment puissant pour protéger à la fois les dieux et les hommes. Alcmène, fut la dernière mortelle avec qui Zeus s'unit, et il avait tant de respect pour Alcmène qu'au lieu de lui faire violence il prit la peine de se déguiser en Amphitryon et de la séduire par des mots tendres et des caresses. Il savait qu'Alcmène était incorruptible et, lorsqu'à l'aube il lui offrit une coupe de grande valeur, elle l'accepta sans hésiter pensant que c'était un butin de guerre que lui offrait son époux.
Bien entendu Amphitryon à son retour fut d’abord très heureux de partager la couche conjugale, puis il fut désagréablement surpris en écoutant le récit de ses exploits sexuels du début de la nuit. Il se renseigna auprès du devin Tirésias qui ne lui cacha pas que Zeus avait partagé la couche de la reine
La violente colère d’Amphitryon l’amena à tenter de brûler vive son épouse mais Zeus prit en pitié la pauvre reine et fit en sorte que la pluie vint éteindre le bûcher. La scène représentée par Aestas, peintre de l’école de Paestum, sur un détail du cratère reproduit ci-contre, fait apparaître un arc-en-ciel alors que les Hyades, avec leurs jarres, déversent l’eau qui tombe en pluie sur le brasier tandis que Anténor et Amphytrion alimentait le bûcher. Alors devant ce prodige, Amphitryon préféra pardonner à Alcmène.
Quelques mois plus tard, sur l'Olympe, Zeus se vanta d'avoir un enfant qui était à présent sur le point de venir au monde. Il déclara devant tous les Olympiens, que le descendant de Persée qui allait naitre serait le maître de la Grèce. Héra lui fit alors promettre que tout prince qui naîtrait dans la Maison de Persée, avant la nuit tombée, serait roi. Dès que Zeus en eut fait le serment solennel et irrévocable, Héra se rendit vivement à Mycènes où elle hâta les douleurs de Nicippé, épouse du roi Sthénélos.
De plus elle enjoignit à Ilithyie, la déesse des accouchements, de retarder la délivrance d'Alcmène. Ilithyie se rendit à Thèbes, s'accroupit, les jambes croisées devant la porte de la reine, fit des nœuds à ses vêtements et serra ses doigts les uns contre les autres; par ce moyen elle retarda la naissance d'Héraclès jusqu'à ce qu'Eurysthée, fils de Sthénélos, conçu seulement depuis sept mois, fût couché dans son berceau. Lorsqu'Héraclès arriva au monde, une heure trop tard, on s'aperçut qu'il avait un frère jumeau du nom d'Iphiclès, le véritable fils d'Amphitryon et plus jeune que lui d'une nuit. Héraclès fut d'abord appelé Alcée ou Palaemon.
Lorsque Héra revint sur l'Olympe et raconta calmement comment elle était arrivée à ses fins, en empêchant Ilithye, déesse des naissances, de délivrer Alcmène, Zeus entra dans une violente colère; il se saisit de sa fille aînée, Até, déesse de la Folie et de l'Egarement, qui l'avait empêché de s'apercevoir des manigances d'Héra, et fit le serment qu'elle ne reviendrait jamais plus sur l'Olympe. Il fit tournoyer Até, en la tenant par ses cheveux d'or, et la lança violemment sur la terre où elle atterrit en Phrygie. Mais il se repentit de ce triste présent et envoya les Lites, les Prières, pour s'attacher à ses pas.
Ne pouvant revenir sur sa parole et laisser Héraclès régner sur la Maison de Persée, il persuada Héra d'accepter qu'il devînt Immortel après avoir accompli les travaux qu'Eurysthée lui demanderait d'exécuter.
Une légende locale attribue parfois à Historis, la fille du devin thébain Tirésias, la ruse qui permit à Galinthias de hâter la délivrance d'Alcmène, lorsque celle-ci était empêchée de mettre au jour Héraclès, à cause des conjurations d'Héra et d'Ilithye. Comme Ilithye était assise sur le seuil de la maison, les mains croisées, empêchant ainsi Alcmène de se " dénouer " Historis sortit soudain de la maison en poussant des cris de joie, disant qu'Alcmène venait enfin d'être délivrée. La déesse la crut et s'éloigna, en colère, ce qui permit à Alcmène de voir la fin de ses douleurs et de mettre au monde Héraclès et Iphiclès.